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Les bactéries hétérotrophes neutrophiles et acidophiles constituent la majorité des espèces de bactéries. Les termes "neutrophile" et "acidophile" désignent le pH optimal des espèces bactériennes - une mesure de l’acidité ou de la basicité d’une substance. Par exemple, le vinaigre est considéré comme acide et le bicarbonate de soude comme base. L'échelle de pH va de 0 à 14, avec 7, le pH de l'eau pure, juste au milieu.
Hétérotrophes Neutrophiles
La majorité des bactéries, les neutrophiles, vivent dans le sol ou dans l'eau et se développent mieux à un pH neutre compris entre 6 et 8. Si le pH varie trop en dehors de cette plage, les bactéries neutrophiles ne peuvent pas survivre. La plupart des bactéries qui causent des maladies chez l'homme sont également des hétérotrophes neutrophiles, bien adaptés pour survivre dans le corps humain.
Hétérotrophes acidophiles
Les bactéries acidophiles se développent mieux à des niveaux de pH inférieurs, généralement inférieurs à 6, car elles possèdent des mécanismes biologiques leur permettant de maintenir leur pH interne presque neutre. Le drainage minier acide - les eaux de ruissellement contaminées et fortement acides des zones minières - contient une forte population d'acidophiles qui oxydent le sulfure présent dans les minerais métalliques. Selon le Science Education Resource Centre du Carleton College, le ferroplasma acidophile présent dans le drainage minier acide présentait des niveaux de pH aussi bas que zéro.
Hétérotrophes obligatoirement acidophiles
Les acidophiles obligatoires ont besoin d’un pH bas, inférieur à 4 ou 5, pour survivre. La membrane cellulaire des acidophiles obligatoires se dissout à pH neutre, provoquant la mort cellulaire. De nombreux acidophiles obligatoires sont également des thermophiles - des organismes qui se développent mieux à des températures élevées - et que l'on trouve couramment dans les sols volcaniques. Thiobacillus ferrooxidans est probablement la bactérie acidophile oxydant le fer la plus souvent étudiée.