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L'écosystème marin est soumis à un stress intense; dans de nombreuses régions, les conditions nécessaires au maintien de la vie sont soit compromises, soit inexistantes. La destruction des habitats marins est particulièrement répandue le long des côtes où les populations humaines ont augmenté. La perte d'habitat, la pollution, la surpêche, les pratiques de pêche destructrices et le réchauffement de la planète sapent tous le milieu marin.
Côtes
La perte d'habitat, la pollution, le ruissellement et la salinité accrue détruisent les récifs coralliens, les herbiers marins et d'autres habitats pour les oiseaux et les poissons. Au fur et à mesure que les zones humides côtières sont remplies pour accueillir les populations humaines croissantes, la construction de barrages sur les rivières diminue le débit d'eau douce, ralentit le ruissellement des éléments nutritifs et inhibe la migration des poissons. Moins d'eau douce signifie une salinité accrue dans les zones humides et les estuaires, ce qui nuit aux herbes qui purifient l'eau lorsqu'elle se jette dans la mer. L'érosion causée par la déforestation s enfonce dans les rivières, les ruisseaux et éventuellement l'océan, bloquant la lumière du soleil nécessaire à la survie des récifs coralliens.
La surpêche
Les biologistes des pêches calculent le rendement maximal durable pour estimer la quantité de poisson pouvant être pêchée dans une population sans compromettre sa viabilité à long terme. Entre 1974 et 1999, la proportion de pêcheries dépassant le rendement maximal durable pour la morue a triplé, passant de 10 à 30%. Selon le Center for Ocean Solutions, depuis le début des années 90, les captures totales dans l’une des pêcheries les plus productives au monde, la mer d’Okhotsk, ont diminué de deux à deux fois et demi en raison de la surpêche. Dans l'océan Pacifique, plus de la moitié des nations insulaires ne gèrent pas de manière durable leurs récifs coralliens.
Fond de la mer
Employant une pratique connue sous le nom de chalutage de fond, les navires de pêche commerciale traînent de grands filets attachés à des poids lourds sur le fond marin. Les espèces visées comprennent les crevettes, la morue, la sole et la limande à queue, mais tout le long du fond marin est capturé. Le chalutage de fond peut endommager l'écosystème marin de façon permanente et les prises accessoires (espèces non ciblées comme les tortues de mer, les oiseaux de mer et les mammifères) sont tout simplement jetés à la mer. Les prises accessoires peuvent représenter 90% du total des captures. Les poissons en voie de disparition et les coraux des grands fonds sont souvent tués.
Acidification
À mesure que le climat se réchauffe, les océans absorbent davantage de dioxyde de carbone, ce qui le rend plus acide. L'acidité accrue inhibe la capacité des organismes marins à développer des coquilles, y compris les minuscules animaux appelés plancton qui forment la base du réseau trophique des océans. Certains chercheurs suggèrent que certaines espèces marines émettront moins de composés soufrés qui favorisent la formation de nuages, ce qui refroidit la Terre. Les modèles climatiques prévoient que cela entraînera un réchauffement supplémentaire de 0,5 degrés Celsius (0,28 degrés Fahrenheit) au cours de ce siècle.