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Le Western Blot est l'une des procédures les plus courantes dans les laboratoires biochimiques. Fondamentalement, il sépare les protéines d'un échantillon en fonction de leur taille, puis effectue des tests à l'aide d'anticorps pour déterminer si une protéine donnée est présente. Son utilité non seulement dans la recherche mais aussi dans les laboratoires médicaux ou de diagnostic; Les tests de dépistage du VIH et de la maladie de Lyme, par exemple, impliquent un test ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay), suivi d'un transfert Western si le test ELISA est positif. Malgré sa popularité, le Western blot présente cependant plusieurs inconvénients.
Non quantitatif
Les transferts Western classiques ne sont pas quantitatifs. En d'autres termes, bien qu'ils puissent dire aux chercheurs si une protéine particulière est présente, ils ne permettent pas de quantifier la quantité de protéine présente. Certaines sociétés de biotechnologie vendent maintenant des kits permettant aux chercheurs ou aux techniciens de laboratoire de quantifier la quantité de protéines présente à l'aide d'une courbe standard - mais cela ne fonctionne que si des échantillons purs de la même protéine sont disponibles. De plus, le poids moléculaire d'une protéine ne peut être estimé qu'avec le Western Blot, plutôt que d'être déterminé avec précision comme avec la spectrométrie de masse.
Des anticorps
Un Western blot ne peut être effectué que si des anticorps primaires contre la protéine d'intérêt sont disponibles. Bien que les sociétés de biotechnologie fournissent des anticorps pour de nombreuses protéines différentes, ils ne sont pas bon marché. si des anticorps primaires ne sont pas disponibles pour une protéine donnée, il ne sera pas possible de réaliser un Western blot à la recherche de cette protéine particulière. De plus, les chercheurs voudront peut-être déterminer si une protéine a été modifiée d'une manière quelconque - par exemple, si elle a été phosphorylée (si un groupe phosphate lui est lié) - et avec la technique du Western blot, ils ont besoin d'anticorps spécifiques du virus modifié. protéine.
Entraînement
Il peut être difficile d'exécuter correctement un transfert Western et d'obtenir de bons résultats. Le personnel doit donc être bien formé.En cela comme dans beaucoup d’autres choses, l’expérience est peut-être le meilleur tuteur; même pour un technicien expérimenté, cependant, un Western blot prend du temps. La partie électrophorèse sur gel de l'expérience, par exemple, prend généralement entre une et deux heures. Bien entendu, d'autres tâches peuvent être effectuées pendant que le gel est en cours d'exécution, mais l'expérience prend encore un certain temps pour obtenir des résultats.
Autres limitations
Les anticorps peuvent parfois présenter une liaison hors cible, ce qui peut entraîner des résultats plus médiocres. De plus, avec le Western blotting, vous utilisez un anticorps contre une protéine spécifique, vos résultats ne vous diront donc que si cette protéine était présente. La spectrométrie de masse à haute résolution, en revanche, révèle toutes les protéines présentes dans un échantillon et, contrairement au transfert Western classique, elle est quantitative. Il est important de rappeler, bien sûr, que la spectrométrie de masse est beaucoup plus chère et plus difficile à utiliser techniquement par rapport au Western blot.