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Les principaux types de bactéries étaient traditionnellement classés selon leurs caractéristiques physiques ou leurs réactions à différents types de coloration. L'avènement de la génétique moléculaire a permis une division plus prudente des différents groupes de bactéries. De nombreux scientifiques pensent que l'ancienne classification des bactéries devrait être scindée en deux royaumes ou plus.
Royaumes
La plus haute classification des êtres vivants est celle des royaumes. Les bactéries étaient autrefois classées dans un royaume connu sous le nom de Protista, mais de nombreux scientifiques soutiennent que l'ancien royaume devrait être divisé en deux règnes sur la base de preuves génétiques moléculaires. Les nouveaux royaumes seraient de vraies bactéries, les Eubactéries, et les anciennes bactéries, les Archaebactéries, qui survivent aujourd'hui dans des environnements extrêmes. Certains suggèrent une nouvelle division phylogénétique connue sous le nom de domaines ou de super-domaines, car les Archaebactéries sont si distinctes, elles pourraient être divisées en trois règnes: Crenarchaeota, la bactérie thermophile; Euryarchaeota, bactéries halophiles et méthanogènes; et Korarchaeota, trouvé dans les sources chaudes.
Phylums
Pour les bactéries autres que les archéobactéries, il existe cinq phylums distincts, la branche suivante de l'arbre phylogénétique. Les protéobactéries sont symbiotiques avec les plantes et les aident à fixer l'azote de l'atmosphère. Les cyanobactéries sont connues sous le nom de bactéries bleu-vert. Les eubactéries sont des bactéries à Gram positif classées traditionnellement et ont des parois cellulaires qui ont des couches différentes de celles des autres bactéries. Les spirochètes se développent en colonies en spirale. Les Chlamydia sont des parasites intracellulaires.
Classification traditionnelle
Les bactéries peuvent être décrites comme pathogènes (causant une maladie) ou non pathogènes. Ils peuvent également être décrits en tant que Gram positif ou Gram négatif. Cela concerne le fait qu’ils absorbent ou non un colorant par coloration de Gram. Les bactéries à Gram positif ne possèdent pas de membrane cellulaire externe et les peptidoglycanes leur permettent d'être colorées au cristal violet. Les bactéries à Gram négatif ont une membrane cellulaire externe mais manquent de peptidoglycanes, ce qui les empêche de se colorer.