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Commencez le processus d'identification des bactéries inconnues en observant leurs caractéristiques physiques, telles que la paroi, la forme et les liens des cellules. Utilisez les procédures de laboratoire standard, telles que la coloration cellulaire, la culture et le séquençage de l’ADN pour affiner votre identification. Les bactéries sont généralement regroupées en espèces en fonction de leurs caractéristiques physiques et métaboliques, plutôt que de leurs relations génétiques les unes aux autres.
Positif ou négatif
Les eubactéries sont les bactéries dites vraies.Ils sont distincts des archaea ou archaebacteria, qui forment un royaume séparé. Les eubactéries sont des procaryotes, ce qui signifie qu'elles ne possèdent pas de membrane nucléaire. La plupart ont des membranes cellulaires et des parois cellulaires. Les bactéries dont les parois des cellules sont épaisses sont appelées gram positif car elles sont susceptibles de mourir au cours d'un test appelé coloration de Gram. La coloration de Gram est le premier test utilisé dans la classification bactérienne. Les bactéries dont les parois des cellules sont minces ou absentes sont Gram-négatives car elles ne piègent pas le colorant de coloration de Gram.
Façonner les bactéries
Les bactéries sphériques sont appelées cocci, les bactéries formant des bâtonnets droits sont appelées bacilles et les bactéries de forme intermédiaire, les coccobacilles. Ceux-ci peuvent tous être Gram négatif ou Gram positif. Les bactéries rigides en forme de spirale sont appelées spirilla et ne sont que gram-négatives. Les bactéries flexibles, indépendamment mobiles, en forme de spirale sont appelées spirochètes et sont neutres en gramme. Enfin, les tiges rigides en forme de virgule sont appelées vibrions et sont gram-négatives. Quelques bactéries peu connues et mal comprises ont différentes formes, telles que la stella en forme d'étoile et les labrys en forme de hache. Il existe également deux groupes bactériens intermédiaires. Les rickettsies ressemblent aux virus, ont une variété de formes, sont Gram négatives et ne peuvent survivre que dans d'autres cellules. Les mycoplasmes, similaires aux champignons, sont dépourvus de paroi cellulaire et incluent de nombreux agents pathogènes du poumon responsables de la pneumonie et spécifiques à chaque espèce.
Cubes, clusters et autres liens
Les cocci et les bacilles sont en outre classés en fonction des liens qu’ils forment après la division cellulaire. Les diplocoques et les diplobacilles sont liés par deux. Les streptocoques et les streptobacilles forment des chaînes. Les cocci tétrades restent dans des carrés de quatre bactéries. Les cocci des sarcines forment des cubes de huit bactéries et les staphylocoques des grappes.
Identifier la bactérie
Si vous avez une bactérie inconnue et que vous souhaitez l'identifier, vous devez généralement effectuer une coloration de Gram puis observer l'aspect de la colonie et les caractéristiques individuelles. À ce stade, vous pouvez dire que vous avez, par exemple, un streptobacille à Gram négatif, aérobie. Vous pouvez ensuite comparer votre échantillon à diverses bactéries connues en le plaçant sur différents milieux de culture qui favorisent la croissance de certaines espèces et en inhiber d'autres, ou en recherchant dans l'échantillon différents sous-produits bactériens connus. En dernier recours, le séquençage de l’ADN peut déterminer si vous avez une espèce ou souche bactérienne connue ou inconnue, à condition de la comparer à une espèce ou à une souche dont le génome a déjà été séquencé.